В Институте Пульмонологии «Кирилл Драганюк» научные исследования проводятся в следующих научных подразделениях: Лаборатория Эволюции туберкулеза и Генетики человека, Лаборатория Неспецифическиe заболевания легких, Лаборатория Лимфологии, Лаборатория Иммунологии и Аллергологии, Лаборатория Микробиологии и Морфологии Туберкулеза, Отдел Международных Отношений и Технологического Трансфера, Центр Клинических исследований.