В Институте Фтизиопульмонологии «Кирилл Драганюк» действуют 8 научных лабораторий: Отделение Лаборатория Менеджмент и Мониторинг туберкулеза, Лаборатория Эволюции туберкулеза и Генетики человека, Лаборатория Неспецифическиe заболевания легких, Лаборатория Лимфологии, Лаборатория Иммунологии и Аллергологии, Лаборатория Микробиологии и Морфологии Туберкулеза, Отдел Международных Отношений и Технологического Трансфера, Центр Клинических исследований.